2012年に某レンタルサーバー会社のトラブルで大手企業を含む5,700件ものホームページデータが消失した事故がありました。
サーバーメンテナンス中の人的ミスだったようですが、万全を期していてもこのような事故はおきないともいえません。
さくらインターネットではサーバートラブルによる万一のデータ喪失を想定してバックアップサーバーにも保存されます。
ただし、ホスティング会社に全てを委ねるのではなくお客様ご自身で定期的なバックアップは必要です。
サイトサポートはお客様のホームページの定期的なバックアップは行いませんので、お客様ご自身で日頃からホームページのバックアップに心がけてください。

・CMSのお客様
例1:プログラムにバックアップ機能を付加していますので定期的にお客様専用のDropboxにバックアップされます。
ただし投稿メッセージにつきましては対象となりません。

例2:2018年以降は「All-in One WP Migration」のプラグインでの手動バックアップをお願いしています。「All-in One WP Migration」はサイトを丸ごとバックアップできますので便利です。例1のお客様にも「All-in One WP Migration」の運用をお勧めします。
All-in-One WP Migrationの使い方

・CMS以外のお客様
お客様にて定期的にサーバーからすべてのデータをダウンロード(FFFTPソフト利用)してPCや各種メディアにバックアップをしてください。